中国科学院流域地理学重点实验室（Key Laboratory of Watershed Geographic Sciences, Nanjing Institute of Geography and Limnology, Chinese Academy of Sciences，简称WSGS）依托于中国科学院南京地理与湖泊研究所，2014年通过中国科学院全部评审论证程序，并于当年8月正式成立。 　　

实验室长期致力于我国长江中下游与东南沿海湿润区流域水土资源演变与环境影响机理及经济发展规律研究，研究基础深厚。

实验室立足长江中下游和东南沿海湿润区不同层次流域，研究阐明了流域土地利用/覆被变化过程与驱动机制，形成了对流域土地利用时空演变及其与经济发展关系的规律性认识；揭示了流域重大水利工程建设与下垫面条件变化对河湖水文水环境影响的机理；探明了流域空间结构和发展格局演变机制与规律，形成了空间功能分区的理论方法体系。连续出版《长江保护与发展》系列报告，成为国家和地方政府科学认识长江保护和发展态势的重要依据。 　　

实验室坚持以国家重大需求为导向，围绕长江中下游与东南沿海湿润区流域面临的洪涝灾害、水环境等重大问题开展研究，在国内独树一帜，在国际上也有一定影响。

在1999年太湖流域洪水期间，实验室利用雷达、TM卫星图像和GPS定位系统评估洪涝灾情，揭示洪涝灾害的成因和治太工程的薄弱环节，提出了太湖流域进一步整治的若干建议。在1998年长江洪水期间，实验室实测了洞庭湖湖底地形及长江有关江段的水下地形图，并对三峡工程的防洪作用、蓄滞洪区的现代化经营管理以及“退田还湖”与“退田还江”等方面提出了若干重要建议。2000年以来，进一步深入开展了长江中下游洪水孕灾环境和致灾机理研究，研究阐明了不同水文年洞庭湖和鄱阳湖各月水位变化幅度及其空间差异，澄清了近年来洞庭湖与鄱阳湖枯季持续低水位与三峡工程蓄水的关系；揭示了湖泊淤积围垦的洪水效应和退田还湖的洪水减灾效果，提出了洞庭湖和鄱阳湖区退田还湖优化方案；模拟分析了太湖流域土地利用变化导致产水量和太湖水位的变化，从过程与机理角度揭示了流域土地利用变化对洪水加剧的影响方式与小水大灾的形成机理；初步阐明了三峡工程运行对长江中游洞庭湖和鄱阳湖水情影响的方式和程度及其湿地生态响应机制。 　　

实验室发展了流域地表关键要素遥感反演和过程模拟技术方法，具有以长江中下游与东南沿海湿润区流域雄厚的基础数据积累。

研究了流域地表水文变量的遥感反演方法，自主提出了不同时相的非变像元理论关系，探讨了时相因素对遥感数据的影响。从非平衡态热力学原理出发，研究了不依赖参数化的蒸散计算方法和遥感反演方法，反演了近十年来鄱阳湖流域蒸散变化过程。探讨了卫星测雨驱动水文模型对模拟结果精度影响的评价方法及使用范围，提出了针对水文模型与遥感数据结合的新的模型参数优化和不确定性评估方法，并在鄱阳湖流域进行应用研究。 　　

自主构建了地表-地下水联合模拟水文模型、适合于平原河网区的分布式水文水动力与水环境模型、长江中游长江－通江湖泊江湖耦合水动力模型等一系列数学模型，为流域地表要素和过程变化及调控效应定量评估提供了强有力的定量工具。 　　

建立了湖泊流域数据共享与模拟平台，具备数据信息自动采集、传输、处理、集成、评估、模拟、预警、信息发布等功能，成为国家地球科学数据共享平台的子平台，拥有超过200T的数据存储能力和8.8万亿次/秒的计算能力。平台积累了1950年以来长序列长江中下游湖泊流域气象和水文数据。除常规国家地面站点的观测数据外，还有丰富的自主监测数据，包括太湖流域代表性试验流域日监测水质数据，鄱阳湖主要入湖河流水质监测数据，鄱阳湖典型洲滩湿地气象水文植被要素联合观测数据，鄱阳湖流域降雨、蒸发、覆被、土地利用类型、土壤属性等原始和再加工数据。 　　

系统整编了典型流域多源遥感数据和基础地理数据，包括全国主要江湖流域基础地理数据库（地形数据1:5万、1:25万、1:100万、1:400万），长江中下游地区部分流域多时段土地利用/覆被数据、社会经济统计数据系列、主要站点水文气象和水环境监测数据系列和大比例尺地形数据库（1:1万、1:5000），全国重点湖泊流域卫星遥感影像数据库（MSS/TM/ETM、CBERS CCD/HR、HJ-1 CCD、BJ-1 CCD、MERIS、ASAR、SPOT、P6、ALOS、MODIS、GOCI等）。 　　

实验室正式成立以来，形成了特色鲜明的流域地理学前沿学科方向，建设成为服务国家重大需求的流域地理学研究基地与智库，取得了一系列突出的研究成果，先后承担“973”计划项目、重点研发计划项目、自然科学基金重点项目、中科院A类先导专项等各类科研项目300余项，近五年累计经费逾3亿元，发表论文900余篇，出版专著30余部，获授权发明专利32项，获2016年度中国科学院科技促进发展奖，在长江中游通江湖泊水文情势变化过程与机制、大型浅水湖泊流域面源氮磷输移循环与管控、长三角一体化空间组织机理及优化、湖泊-流域水环境管理平台应用示范等方面取得了显著的研究进展，丰富和发展了流域地理学的理论和方法，创新了流域地理要素的综合监测与多过程的集成模拟技术，为支撑我国流域资源环境与社会经济协调发展做出重要贡献。