学术委员会由15名国内外知名专家组成，负责审议实验室发展方向、发展规划和重大科研计划，监督考核实验室各项工作。

实验室主任由正副主任组成。主任在学术委员会指导下，负责制定实验室发展规划和实验室各项科研活动日常管理。提出研究计划，负责督促科研项目实施和人员考核，组织学术活动，促进国际学术交流等。

实验室内部由实验室主任统一管理，下设三个研究组，即流域水土过程与生态环境效应、流域人文格局演变与优化和流域自然人文复合过程监测模拟与调控。研究组具体实施科研任务。实验室根据研究和管理工作的需要设置综合办公室，负责研究室日常行政管理、对外联络与宣传。

实验室内部组织单元框架